分子病理中心成立于2009年，是集科研、教学、临床为一体的综合性科研实验室。实验中心总面积514平方米，包括5个公共实验检测平台及1个病原微生物2级实验室。中心拥有二代测序仪、实时定量PCR仪等多台高附加值精密仪器设备，总价值达700余万。实验检测平台包括PCR平台、NGS平台、形态学平台、细胞培养平台及蛋白检测平台，覆盖基础及临床病理科研所需的基本检测项目。实验室专兼职人员3人，实验室目前工作人员包括研究生、在校科研教师及临床检验人员。

PCR实验室是校内通过黑龙江省备案的病原微生物P2实验室之一。PCR实验室配备了高性能的负压送风系统、生物安全柜、高压灭菌器，保证了实验室内部气流的单向流通及PCR检测的准确性。分子病理研究室是主要的蛋白质检测平台，由两个实验室组成。实验室内包括深低温冰箱、凝胶成像系统、酶标仪、等多项与蛋白检测相关大型仪器设备。实验室工作空间宽敞明亮，仪器使用简化便捷。细胞实验平台包括一个细胞培养室和两个验准备室，是实验中心为研究生及教师培养细胞设置的体外培养开放平台。同时实验室拥有形态学实验室2间，包括常规形态实验室和免疫荧光分析室。既可以完成HE染色、免疫组化、特殊染色等常规病理形态学实验，也可以完成免疫原位杂交、流式细胞检测及荧光染色等多种特殊形态学实验。

临床检测方面实验室一直与临床病理共同发展，常规开展多种分子检测项目。从2010年开展荧光原位杂交技术进行乳腺癌HER-2基因的检测，到目前开展的HR HPV、肺癌五种基因突变、肠癌/甲状腺癌KNB及宫颈癌甲基化等多种分子病理检测项目。